1941年3月到4月间，朱可夫领导总参谋部确定西部边境掩护计划和战时动员计划。5月底，朱可夫指示各边境军区司令员立即着手建立指挥所，后又于6月中旬下令各方面军指挥机关进入指挥所，要求他们在6月21日至22日到位。
总参谋部执行着繁重的作战、组织和动员的任务，但即使在朱可夫和他的有才干的助手领导下，超负荷运转也不可能堵上当时存在的所有的纰漏。众所周知，在德军发动进攻的主攻方向和时间上，苏军统帅部的估计有着严重的失误，而这一失误对苏军来说是致命性的。斯大林虽然认为苏德之间难免一战，但他还是不相信战争会如此之早地降临。朱可夫在回顾这段历史时说：“当战争危险日益临近时，我们这些军事将领，看来没有尽一切力量说服斯大林，使他相信苏德战争不可避免地要在最近爆发，因此必须将作战和动员计划的紧急措施早一点付诸实施。”
6月21日，率装甲兵团横扫西欧的古德里安在布格河畔视察，确信红军对德国的进攻意图一无所知后，向其坦克部队下达了向苏联闪击的命令。这天夜里10点，一名在德军某步兵师服役的捷共党员偷越边境，告知进攻将在次日凌晨3时发动。基辅军区参谋长普尔卡耶夫中将用电话向朱可夫报告了这一情况，朱可夫立即向铁木辛哥和斯大林作了报告，随即带上下发部队的命令草稿，和瓦杜丁中将一起赶往克里姆林宫向斯大林汇报。