加尔文为日内瓦的宗教改革和共和国的巩固做了大量工作，但也遭到反对派的仇恨。1555年，加尔文镇压反对派，完全控制了日内瓦。日内瓦的宗教法庭取得开除教籍的权力。加尔文晚年越来越独断专行，听不进不同意见。1551年，医生杰罗姆·波尔赛克在群众大会上公开批评先定论，被加尔文审判并驱逐出境。著名的西班牙学者米格尔·塞尔维特因批评《圣经》和三位一体，长期受天主教会迫害，逃到日内瓦后被加尔文逮捕。加尔文亲自审讯，以判死刑逼他承认错误。塞尔维特说：“我的言行正确，不怕死；你们诽谤我的学说，但拿不出有分量的证据；我将为自己的学说和真理而勇敢地死去！”1553年10月23日，他昂首挺胸走上刑场。有人劝他承认错误，为时未晚。塞尔维特不屈地摇摇头，英勇地死去。恩格斯愤怒地指出：“值得注意的是，新教徒在迫害自由的自然研究方面超过了天主教徒。塞尔维特正要发现血液循环过程的时候，加尔文便烧死了他，而且还活活地把他烤了两个钟头。”[62]对于此事，著名人文主义者、教师塞巴斯梯安·卡斯特里奥曾提出抗议，长期遭迫害，被迫离开日内瓦。一般的再洗礼派成员被驱逐或被迫害致死的就更多了。人称“加尔文”是“新教的教皇”，“日内瓦”是“新教的罗马”，不是没有道理的。