如此大量挪用海军经费，势必造成海军经费的短缺。为了挪用海军经费，慈禧太后在1887年5月下令各省裁减船只，并规定：“嗣后各省于海防应需购买器械、拨用经费等项，均著先期咨报海军衙门斟酌妥善，再行办理。”对海军衙门掌管支配的海军经费，清廷也不能如数拨给，名义上“部拨常年经费虽有四百万之数”，但实际上往往以各种借口少拨，各年“通盘牵算，岁入不过二百九十余万两左右。岁出之项，北洋用款一百二三十万，南洋用款七八十万。”到1888年，“撙节度支，北洋仅拨银九十余万两，南洋仅拨银五十余万两”。即便北洋和南洋海军节约经费，但加上其他养舰、练军费用，海军衙门亦“需款三百二十余万两”，“入不抵出”相当严重。为此，海军衙门奏请朝廷从1888年起，由鸦片厘金项下增拨海军经费100万两，但因户部用款紧张而被拒绝。到1891年6月，清廷又批准户部酌拟筹饷办法，命令“南北洋购买外洋枪炮、船只、机器暂停两年，即将所省价银解充饷”，并要各省为其立筹二三百万两，其中摊派南洋海军等120万两。