如此大量挪用海军经费,势必造成海军经费的短缺。为了挪用海军经费,慈禧太后在1887年5月下令各省裁减船只,并规定:“嗣后各省于海防应需购买器械、拨用经费等项,均著先期咨报海军衙门斟酌妥善,再行办理。”对海军衙门掌管支配的海军经费,清廷也不能如数拨给,名义上“部拨常年经费虽有四百万之数”,但实际上往往以各种借口少拨,各年“通盘牵算,岁入不过二百九十余万两左右。岁出之项,北洋用款一百二三十万,南洋用款七八十万。”到1888年,“撙节度支,北洋仅拨银九十余万两,南洋仅拨银五十余万两”。即便北洋和南洋海军节约经费,但加上其他养舰、练军费用,海军衙门亦“需款三百二十余万两”,“入不抵出”相当严重。为此,海军衙门奏请朝廷从1888年起,由鸦片厘金项下增拨海军经费100万两,但因户部用款紧张而被拒绝。到1891年6月,清廷又批准户部酌拟筹饷办法,命令“南北洋购买外洋枪炮、船只、机器暂停两年,即将所省价银解充饷”,并要各省为其立筹二三百万两,其中摊派南洋海军等120万两。
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