日本政府出兵朝鲜时，也极力怂恿清政府向朝鲜派兵。李鸿章面临朝鲜复杂的形势，听信了袁世凯所谓的日本“志在商民，似无他意”的言论，并决定“遣兵代剿”。于是李鸿章在天津检阅海军，并令丁汝昌派海军济远、扬威两舰赶赴仁川、汉城护商，并将派兵前往朝鲜的消息告知了日本，还说等中国军队平定了朝鲜内乱，马上就会撤军。李鸿章的主张得到了光绪帝的认可，光绪帝想要李鸿章派兵尽早扑灭朝鲜东学党起义的烈火，从而维护朝鲜封建统治和中朝的宗藩关系。光绪帝和李鸿章的遣兵代剿策略，中了日本人的诡计，因为这个策略既粗暴地干涉了朝鲜的内政，又给日本挑动战争以口实。
日本政府阴谋得逞，立即派驻朝公使大鸟圭介率领800人的“护卫队”直赴汉城。不久，日本大军陆续拥入朝鲜。截止到6月23日，在朝鲜仁川登陆的日军已经达到8000人。为了吞并朝鲜、侵略中国，日军在朝鲜占据了有利的地形，而中国则处处受制。
日本出兵朝鲜，引起清政府的不满。李鸿章等人与日本领事馆交涉，称清政府派兵到朝鲜“平定内乱”即可，日本则不必派重兵，更不应当进入朝鲜内地，以免引起事端。但是，日本断然拒绝了中国方面的要求。在清政府看来，藩国有难，本国必然援助，这是中国作为宗主国的责任，因此中国应当派兵到朝鲜；而在日本看来，朝鲜是自主国，与其他国家是平等的，如果中国派兵到朝鲜进行镇压，那么日本派兵到朝鲜平息事端也是无可厚非的。