僖宗这边心里也不好受，细思满朝从贼将相如何处置的话，立刻下旨，密令神策军监搜捉从贼诸将相并其亲族一齐处斩。
其时田令孜将剿灭黄巢全归功于他一人，然后他就自居功高，越发地骄横，越发地倾轧得满朝将相不能安于职位，于是秦宗权率兵反出长安，朱全忠、李克用也纷纷逞兵作乱，都是以一个清君侧为理由。国内几无宁日，扰攘数年，才得大局粗定。
僖宗启驾回宫，沿途苍凉满目，及至进入都城长安一看，更是铜驼荆棘、狐兔纵横。皇宫大内只有几个老年太监出来拜谒，所有宫女都失散不知去向，懿宗时代最受宠爱的郭淑妃也从此杳无下落了。京兆尹王徽用人夫五万修治宫廷整葺城垣，这才勉强得以开始正常的办理朝政，天下稍定。而田令孜依旧处处钳制僖宗，行动不自由。