军机处是在雍正清理财政之后设立的,当时整个吏治比较好。军机处官员虽居机要之地,但没有什么特权。军机大臣有每日晋谒皇帝之荣,没有分外特权。雍正允许军机章京和军机处笔帖式挂朝珠,表示宠异。朝珠,文职五品、武职四品以上才许悬挂,出任军机章京的大多是六七品官员,其中编修、检讨、内阁中书均是七品小官,他们破例得同四品以上官员一样挂朝珠,是雍正给的特殊荣誉。然而这种虚荣,并没有实质性的好处。其时军机处官员非常注意保密,不与不相干人员往来。嘉庆五年(1800),仁宗曾就军机处漏密事件发布上谕,他说“军机处台阶上下,窗外廊边,拥挤多人,借回事画稿为名,探听消息"。因此规定不许任何闲人到军机处,即使亲王、贝勒、贝子、公、大臣亦不得到军机值房同军机大臣议事,违者重处不赦。又特派科道官一人,轮流在军机处纠察。这是乾隆后期以后吏治败坏下的情况,雍正年间完全不是这样。张廷玉任职年久,据说“门无竿牍,馈礼有价值百金者辄却之”。讷亲“门庭峻绝,无有能干以私者”。雍正年间军机处官员的廉洁,使他们有可能不违法,保守机密,得以忠实的履行职责。
雍正创设军机处,使它日益取代内阁的作用,是行政制度上的重大改革。它使议政处名存实亡,使内阁形同虚设,军机大臣虽具有一定权力,但主要是秉承皇帝意旨办事,没有议政处的议决权,内阁的票拟权,这些权力都统归于皇帝了。所以行政机构的改革,加强了皇权,削弱了满洲贵族和满汉大臣的“相权”。军机处设立与奏折制度的确立相辅相成,雍正亲自批答奏折,向军机大臣面授机宜,天下庶务皆归他一人处决。由此可见,雍正的专权与明朝的朱元璋相同,但是又有不同。朱元璋日理万几,忙不过来,找几个学士做顾问,然而不是固定的班子在皇帝指导下处理政事,因此皇权是强化了,行政效率却不一定高;而雍正建立军机处,加强皇权的同时,还提高了行政效率,使得皇权能够真正地充分地实现,所以他的权力实际上比朱元璋还要集中,他以前的其他帝王对他更是不可企及的了。