军机处是在雍正清理财政之后设立的，当时整个吏治比较好。军机处官员虽居机要之地，但没有什么特权。军机大臣有每日晋谒皇帝之荣，没有分外特权。雍正允许军机章京和军机处笔帖式挂朝珠，表示宠异。朝珠，文职五品、武职四品以上才许悬挂，出任军机章京的大多是六七品官员，其中编修、检讨、内阁中书均是七品小官，他们破例得同四品以上官员一样挂朝珠，是雍正给的特殊荣誉。然而这种虚荣，并没有实质性的好处。其时军机处官员非常注意保密，不与不相干人员往来。嘉庆五年(1800),仁宗曾就军机处漏密事件发布上谕，他说“军机处台阶上下，窗外廊边，拥挤多人，借回事画稿为名，探听消息"。因此规定不许任何闲人到军机处，即使亲王、贝勒、贝子、公、大臣亦不得到军机值房同军机大臣议事，违者重处不赦。又特派科道官一人，轮流在军机处纠察。这是乾隆后期以后吏治败坏下的情况，雍正年间完全不是这样。张廷玉任职年久，据说“门无竿牍，馈礼有价值百金者辄却之”。讷亲“门庭峻绝，无有能干以私者”。雍正年间军机处官员的廉洁，使他们有可能不违法，保守机密，得以忠实的履行职责。
雍正创设军机处，使它日益取代内阁的作用，是行政制度上的重大改革。它使议政处名存实亡，使内阁形同虚设，军机大臣虽具有一定权力，但主要是秉承皇帝意旨办事，没有议政处的议决权，内阁的票拟权，这些权力都统归于皇帝了。所以行政机构的改革，加强了皇权，削弱了满洲贵族和满汉大臣的“相权”。军机处设立与奏折制度的确立相辅相成，雍正亲自批答奏折，向军机大臣面授机宜，天下庶务皆归他一人处决。由此可见，雍正的专权与明朝的朱元璋相同，但是又有不同。朱元璋日理万几，忙不过来，找几个学士做顾问，然而不是固定的班子在皇帝指导下处理政事，因此皇权是强化了，行政效率却不一定高；而雍正建立军机处，加强皇权的同时，还提高了行政效率，使得皇权能够真正地充分地实现，所以他的权力实际上比朱元璋还要集中，他以前的其他帝王对他更是不可企及的了。